96年度自然人憑證應用系統評比獎勵活動，決選出民眾應用系統組3名、公務應用系統組2名，合計5名自然人憑證應用系統獲得優良獎。

自然人憑證應用系統優良獎之得獎名單如下：

1. 交通部公路總局台北區監理所（車輛號牌網路競標系統）
2. 行政院環境保護署（廢機動車輛報廢回收系統）
3. 台北市政府消防局（台北市政府消防局審勘及檢修申報系統）

1. 行政院衛生署（藥品物料聯合訂購網）
2. 台中縣政府（人民申請案免書證免謄本便民服務系統）