98年自然人憑證應用系統評比獎勵活動，決選出民眾應用系統組3個、公務應用系統組4個，合計7個應用系統獲得優良獎。

自然人憑證應用系統優良獎之得獎名單如下：

(一) 民眾應用系統組：

1. 桃園縣政府研究發展處（桃園縣線上申辦整合系統）
2. 財政部財稅資料中心（地方稅網路申報建置作業）
3. 新竹市政府（新竹市土地使用分區線上服務系統）

(二) 公務應用系統組：

1. 臺北市政府財政局（臺北市集中支付電子化作業系統）
2. 高雄縣政府地方稅務局（行政資訊入口網）
3. 桃園縣蘆竹地政事務所（電子公文檔案管理系統）
4. 臺北市政府政風處（公務人員財產網路申報系統）