依據憑證實務作業基準之規定，初次申請憑證時，註冊窗口在憑證申請人本人出示國民身分證正本後，向本部戶役政系統查驗該國民身分證是否為有效，並檢驗此國民身分證所記錄的人員是否確實為該申請者，以確認申請者的身分，才能核發憑證。因此一定要國民身分證正本辦理自然人憑證。

臨櫃申請憑證時，由以下的步驟完成憑證的簽發：
1、憑證註冊審驗人員確認憑證申請人之身分後，以註冊窗口系統列印憑證申請書。
2、由申請人填妥其電子信箱以及用戶代碼之資料，交給註冊審驗人員輸入至系統。
3、憑證註冊審驗人員確認輸入資料正確無誤後，以其IC卡對憑證申請資料加簽數位簽章，並進行IC卡的個人化的外觀印製(IC卡外觀有卡號、姓名、使用期限)。
4、將相關憑證申請資料上傳至註冊中心。
5、註冊中心檢驗憑證註冊審驗人員的簽章無誤後，就以完整的憑證申請訊息向憑證管理中心申請憑證。
6、憑證管理中心回傳所簽發之憑證，再由註冊窗口系統將簽發的憑證寫入申請人之IC卡中。
7、憑證註冊審驗人員幫申請人進行開卡，初始PIN碼為申請人民國出生年月日共6碼。

1、年滿18歲(含)以上。
2、具有中華民國國籍。
3、在臺灣設有戶籍。
4、未受監護宣告。

請本人攜帶國民身分證正本、電子信箱，親至任一戶政事務所提出申請，並繳交自然人憑證IC卡工本費250元，當日即可完成自然人憑證IC卡的簽發。目前各戶政事務所皆有設置申辦窗口，民眾可在網址： https://moica.nat.gov.tw 憑證作業/憑證申辦窗口RAC，查詢辦理此項業務之戶政事務所相關資訊。(不限戶籍地，可跨縣市辦理)

於戶政事務所臨櫃辦理時，承辦人員已完成開卡作業，並給予「憑證申請暨開卡確認收執聯」，故申辦後拿到的自然人憑證狀態都是有效的，無需自行開卡。

目前需於線上開卡的用戶僅限線上換發及外來人口憑證用戶。

申辦自然人憑證並沒有戶籍地限制，且可跨縣巿辦理，親至任一戶政事務所辦理即可。(不限戶籍地，可跨縣市辦理)

本人攜帶國民身分證正本、電子信箱及IC卡工本費250元，親至任一戶政事務所自然人憑證專屬櫃檯辦理即可。(不限戶籍地，可跨縣市辦理)

自然人憑證用戶：憑證管理中心所簽發及管理的憑證，為我國年滿18歲(含)以上，未受監護宣告設籍中華民國國民之自然人憑證，且包含簽章用及加解密用憑證。
信賴憑證者：信賴憑證者，係指相信憑證主體名稱與公開金鑰之連結關係的個體。信賴憑證者在使用憑證管理中心所簽發之憑證前，應確認憑證之狀態、類別、保證等級及金鑰用途等是否符合應用需求。

電子憑證依據安全等級區分，可分4級，電子化政府各憑證管理中心所核發之電子憑證，是屬於較高安全等級的憑證，可做為網路身分證明或電子簽章使用，是電子化政府網路申辦服務的基礎。為了保障個人的權益及確保自然人憑證發卡之正確性及安全性，必須本人親自到場申請，經核對個人身分及基本資料無誤後，才能核發憑證。

為確保憑證用戶權益及憑證作業驗證信寄送，申請自然人憑證均須提供電子信箱填入申請書，以作為憑證管理中心聯絡使用，例如：線上修改用戶代碼驗證信、憑證到期通知、憑證停用通知、憑證復用通知或憑證管理中心最新消息等。