民眾於戶政事務所申請恢復戶籍、變更姓名或變更國民身分證統一編號後，憑證管理中心資料庫與戶役政系統需同步更新資料，故民眾需於戶籍遷入、改名或變更國民身分證統一編號同步完成後才可申辦自然人憑證。

如有任何問題與建議，請與憑證管理中心聯絡，請洽客服專線：0800-080-117，客服信箱：cse@moica.nat.gov.tw。

申辦過程中牽涉到填寫表格、列印卡片、資料輸入及資料寫回自然人憑證IC卡之程序。約需10至15分鐘，當天即可領取卡片。

自然人憑證儲存於IC卡晶片，因此使用於線上辦理各項應用服務時需搭配讀卡機讀取使用，用戶可至各販賣電腦週邊商店，自行選購可讀取自然人憑證IC卡及支援自已電腦作業系統的讀卡機。

1、戶政事務所臨櫃辦理之受理時間請依各縣市政府所屬戶政事務所公告辦公時間，親臨櫃台辦理申請服務。(可上網至內政部戶政司全球資訊網點選戶政機關通訊錄或至各戶政事務所網站查詢)。
2、因簽發自然人憑證IC卡有其專用設備，礙於人力調度上的限制，及提供民眾良好的服務品質，欲於其他時間前往辦理或私人企業要集體辦理，請電洽戶政事務所詢問，以免徒增往返戶所的時間。

基本上沒有限制不可共用同一個電子信箱，但為了區分個人資料與保密郵件，建議使用不同電子信箱。

IC卡上之卡號乃為卡管中心管理IC卡發卡序號之用途，意即是系統產生之連續號碼，並無所謂吉祥與否之數字，民眾所使用的部份是IC卡內之憑證，並不會使用到IC卡序號，所以請民眾安心使用。若因IC卡卡號為4而將憑證廢止，並重新申辦憑證者，須酌收自然人憑證IC卡工本費250元。

憑證管理中心允許憑證用戶的戶籍中文姓名相同，但會以在唯一識別名稱中的序號(Serial Number)做加以區別，以使憑證用戶的名稱可以保持唯一性。但是當自動給定的序號發生重複時，憑證管理中心會以人工給定的方式，而保持序號的唯一，以解決命名爭議的問題。

自然人憑證依照行政院訂頒之「政府機關公開金鑰基礎建設憑證政策」規定為5年。目前於效期到期時得展期1次，且為期3年，使用期限最長為8年。