自然人憑證IC卡遺失，以下方式請擇一辦理：
1、線上申請停用：請至內政部憑證管理中心，網址：https://moica.nat.gov.tw 點選 憑證作業/憑證停用，輸入自然人IC卡卡號及用戶代碼，線上憑證停用。
2、臨櫃申請停用：本人攜帶國民身分證正本親至任一戶政事務所辦理憑證停用。(不限戶籍地，可跨縣市辦理)
3、委託代辦停用：委託人及受委託人應先行填妥自然人憑證代辦事項委託書： https://moica.nat.gov.tw/download/File/MOICAAgent_20140604.pdf 並親筆簽名或用印，由受委託人攜帶雙方國民身分證正本及印章、自然人憑證代辦事項委託書至任一戶政事務所辦理。(不限戶籍地，可跨縣市辦理)
4、傳真方式辦理停用：需由本人親筆填寫簽名「自然人憑證緊急停用申請書」檢附含有可鑑別身分之書面資料，例如：國民身分證、居留證正反面影本或警察機關受(處)理案件證明單，並署名緊急聯絡電話與本人簽名，於客服服務時間以傳真、拍照或掃瞄後email至客服信箱，由客服人員協助進行自然人憑證緊急停用，緊急停用申請書請洽客服專線：0800-080-117索取。
5、廢止舊憑證辦理新憑證：若因憑證IC卡遺失而選擇將憑證廢止，並重新申辦自然人憑證者，請本人攜帶身分證正本、自然人憑證IC卡工本費250元及電子信箱，親至任一戶政事務所(不可委託辦理)，前往辦理舊憑證廢止及新憑證之申請。
※提醒：申請停用後仍能復用，如確定自然人憑證IC卡已找不回來，為確保憑證使用安全，建議本人攜帶身分證正本至任一戶政事務所申請憑證廢止。 (不限戶籍地，可跨縣市辦理)

自然人憑證IC卡復用，以下方式請擇一辦理：
1、 線上申請復用：請至內政部憑證管理中心，網址：https://moica.nat.gov.tw 點選 憑證作業/憑證復用，輸入自然人IC卡卡號及用戶代碼，線上憑證復用。
2、 戶政事務所申請復用：本人攜帶國民身分證正本，親至任一戶政事務所辦理憑證復用。(不限戶籍地，可跨縣市辦理)
3、 委託代辦復用：委託人及受委託人應先行填妥自然人憑證代辦事項委託書： https://moica.nat.gov.tw/download/File/MOICAAgent_20140604.pdf並親筆簽名或用印，由受委託人攜帶雙方國民身分證正本及印章、自然人憑證代辦事項委託書至任一戶政事務所辦理。(不限戶籍地，可跨縣市辦理)

本憑證管理中心自註冊窗口受理憑證停用(恢復使用)申請時起，將於1個工作天內完成憑證停用(恢復使用)處理程序。

用戶在申請停用憑證時，不必申告所需停用期間，本憑證管理中心所設定憑證停用的最長期限為自核可申請時間到該憑證到期的時間。

一般而言，各應用服務單位與自然人憑證系統資料庫之間，進行資料連結更新約需1-2個工作天，但因各應用服務單位身分確認對照檔資料進行資料更新的時間點不同，建議於憑證復用1-2個工作天後再使用各項應用服務。