1、憑證所有人可申請憑證廢止。
2、依正式公文辦理的司法機關。

已申辦自然人憑證之用戶，若有下列情形系統將逕行廢止憑證，並寄發憑證廢止通知予憑證用戶：
● 確認憑證記載之內容不實。
● 確認用戶之私密金鑰遭冒用、偽造或破解。
● 確認憑證管理中心之私密金鑰或系統遭冒用、偽造或破解，足以影響憑證之信賴度。
● 確認用戶之憑證未依本作業基準規定之程序簽發。
● 確認用戶違反本作業基準或相關法令規定。
● 依據司法機關正式公文之通知。
● 用戶死亡或經死亡宣告者。
● 用戶喪失中華民國國籍者。
● 用戶做姓名變更者。
● 用戶國民身分證統一編號變更者。
● 用戶申請憑證內容變更者。
● 用戶申請金鑰更換者。
● 受監護宣告者。
● 用戶申請憑證展期者。
※欲查詢自然人憑證是否為已廢止狀態，可至內政部憑證管理中心，網址：https://moica.nat.gov.tw 點選 憑證作業/查詢憑證簽發情形，如有任何問題，請洽詢客服專線：0800-080-117。

申請憑證廢止須本人攜帶國民身分證正本親至任一戶政事務所臨櫃辦理，進行身分鑑別程序，以作為判定是否同意廢止憑證之依據，憑證廢止作業完成後，無法恢復使用。日後如有憑證需求重新申辦時，須支付自然人憑證IC卡工本費250元。(不限戶籍地，可跨縣市辦理)

1、如有更改過憑證資料內容，例：憑證內電子信箱、國民身分證統一編號及姓名，因更改憑證資料內容須將原先以舊資料申請的憑證廢止，再重新以新的資料簽發1張新的憑證，因此當資料內容變更後會由系統自動寄發1封憑證廢止通知。
2、欲查詢憑證狀態，請至內政部憑證管理中心，網址：https://moica.nat.gov.tw 點選 憑證作業/查詢憑證簽發情形，輸入自然人憑證IC卡號，即可查詢憑證狀態。

如辦理憑證內容變更，系統會自動寄發憑證廢止通知函。若於開啟該通知函時，發生無法查閱內容的情形時，請洽詢客服專線：0800-080-117。

須由本人攜帶國民身分證正本，親至任一戶政事務所提出廢止憑證申請，憑證廢止之後，無法恢復使用，日後如有使用憑證需求重新申辦自然人憑證IC卡，須支付自然人憑證IC卡工本費250元。(不限戶籍地，可跨縣市辦理)

本憑證管理中心自註冊窗口受理憑證廢止申請時起，將於1個工作天內完成憑證廢止處理程序。

憑證用戶如已死亡，則憑證管理中心在進行每日例行性作業時，於比對戶役政資料後，會將該憑證逕行廢止而不另通知，因此該憑證於自動廢止之後是無法再行使用的。