憑證管理中心的金鑰產製是在密碼模組內，採用RSA演算法及亂數產生器產生；私密金鑰於硬體模組產製後會一直儲存在內不外洩。此外，憑證用戶的IC卡乃是卡管中心通過FIPS 140-1等級2認證或具有相當安全度的IC卡，金鑰在其內部產生。金鑰產製後，私密金鑰也無法從IC卡中匯出。

外來人口自然人憑證IC卡是於網路上提供各應用服務單位，驗證憑證用戶身份及加密相關資料使用，僅儲存用戶姓名、居留證號後4碼及寫入的電子郵件信箱。如於公務上使用外來人口自然人憑證就像電子簽章及數位信封一樣，可證明為本人使用具有不可否認性或是將以加密的方式傳遞，反而讓用戶多了一道保護，降低個人身份被冒用及資料外洩的危險。

外來人口自然人憑證的開辦及應用是電子化政府的趨勢指標，憑證相對於各項業務的申請來說為工具，不會有個人資料洩露的情況。就像身分證明文件一樣，外來人口自然人憑證用戶也必須妥善保管IC卡及PIN碼，不可隨意交給別人或販售給他人使用，才能避免個人權益蒙受損失。

外來人口自然人憑證公佈資訊內容為兼顧保障個人隱私及網路認證便利性，目前僅提供姓名、居留證號後4碼、寫入的電子郵件信箱與憑證序號公布，但還是保留民眾自行選擇是否公佈憑證之權利。無論公不公佈憑證，都不會影響到用戶在網路上申辦各項政府業務的功能。若欲更改 公佈憑證 / 不公佈憑證，可上網至內政部憑證管理中心，在『外來人口／憑證作業／線上更改憑證公佈作業』頁面進行變更。